上世紀(jì)90年代，醫(yī)改再掀波瀾。1992年9月，衛(wèi)生部根據(jù)國務(wù)院意見，提出醫(yī)院要“以工助醫(yī)”、“以副補(bǔ)主”。2000年，改革逐漸向縱深發(fā)展，觸及體制性、機(jī)制性、結(jié)構(gòu)性等深層次問題。2000年3月，國務(wù)院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)八部委的《關(guān)于城鎮(zhèn)醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的指導(dǎo)意見》，俗稱醫(yī)改“十四條”；2001年5月，國務(wù)院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)四部委的《關(guān)于農(nóng)村醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的指導(dǎo)意見》。在這一過程中，醫(yī)改的矛盾與困惑日益增多，隨著政府衛(wèi)生投入占衛(wèi)生總費(fèi)用的比重不斷下降，到2002年已經(jīng)下降到15.2%，而這些衛(wèi)生費(fèi)用主要來自地方財(cái)政，于是產(chǎn)權(quán)改革、“國退民進(jìn)”的呼聲日益高漲；2004年底全國有近百億元民營和外資介入中國的近百家醫(yī)院的改制工作；到2005年，中國醫(yī)療產(chǎn)業(yè)的總市場價(jià)值達(dá)到6400億元。

    2006年一號(hào)文件提出社會(huì)主義新農(nóng)村建設(shè)，并在“十一五”規(guī)劃中將建設(shè)社會(huì)主義新農(nóng)村作為重要目標(biāo)，這給農(nóng)村醫(yī)療衛(wèi)生發(fā)展創(chuàng)造了良好的政策環(huán)境。

    醫(yī)療衛(wèi)生應(yīng)該也是社會(huì)主義新農(nóng)村建設(shè)的重要方面。首先，投資醫(yī)療衛(wèi)生，投資健康也就投資了人力資本。健康是人力資本的一個(gè)組成部分，是經(jīng)濟(jì)發(fā)展的一個(gè)推動(dòng)因素。中國經(jīng)濟(jì)的發(fā)展很大程度上得益于我們健康的、廉價(jià)的、高質(zhì)量的勞動(dòng)力帶動(dòng)了整個(gè)制造業(yè)的發(fā)展，但在這個(gè)過程中，污染了環(huán)境，破壞了生態(tài)，損害了老百姓的健康。在科學(xué)發(fā)展觀和構(gòu)建和諧社會(huì)目標(biāo)的指導(dǎo)下，應(yīng)該更重視老百姓的健康，而不是簡單的經(jīng)濟(jì)增長。況且中國經(jīng)濟(jì)的可持續(xù)發(fā)展離不開一支健康的勞動(dòng)力隊(duì)伍。其次，衛(wèi)生投入，尤其是公共衛(wèi)生和基礎(chǔ)醫(yī)療投入，也是基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)的重要內(nèi)容。改水、改廁、垃圾處理、精神衛(wèi)生促進(jìn)等本身是公共衛(wèi)生的范疇，做好這些工作也是“村容整潔”，“鄉(xiāng)風(fēng)文明”的要求，農(nóng)民健康狀況提高了，就能更好地參加勞動(dòng)，“生產(chǎn)發(fā)展”才能成為現(xiàn)實(shí)，從而使得農(nóng)民增加收入，“生活寬裕”。

    “十一五”規(guī)劃綱要結(jié)合社會(huì)主義新農(nóng)村建設(shè)，用單獨(dú)的一節(jié)來闡述農(nóng)村衛(wèi)生工作，內(nèi)容更為全面，提出加強(qiáng)以鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院為重點(diǎn)的農(nóng)村衛(wèi)生基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)，健全農(nóng)村三級(jí)衛(wèi)生服務(wù)和醫(yī)療救助體系；培訓(xùn)鄉(xiāng)村衛(wèi)生人員，開展城市醫(yī)師支援農(nóng)村活動(dòng)；建設(shè)農(nóng)村藥品供應(yīng)網(wǎng)和監(jiān)督網(wǎng)；整合醫(yī)療衛(wèi)生資源，大力提高農(nóng)村、中西部地區(qū)和基層公共衛(wèi)生資源的比重。新型農(nóng)村合作醫(yī)療被定為農(nóng)村醫(yī)改的突破口，也是近期農(nóng)村衛(wèi)生工作的重點(diǎn)。根據(jù)“十一五”規(guī)劃和今年兩會(huì)精神，2006年“新農(nóng)合”試點(diǎn)覆蓋面將擴(kuò)大到全國縣（市、區(qū)）總數(shù)的40%，2007年達(dá)到60%，2008年在全國基本推行，2010年實(shí)現(xiàn)基本覆蓋農(nóng)村居民的目標(biāo)。

    2009年1月21日，*總理主持的國務(wù)院常務(wù)會(huì)議決定，中國政府宣布今后3年內(nèi)將為實(shí)施上述重大改革投入8500億元。目標(biāo)之一，就是3年內(nèi)使城鎮(zhèn)職工和居民基本醫(yī)療保險(xiǎn)及新型農(nóng)村合作醫(yī)療參保率提高到90%以上。明年，政府對(duì)城鎮(zhèn)居民醫(yī)保和新農(nóng)合的補(bǔ)助標(biāo)準(zhǔn)提高到每人每年120元，并適當(dāng)提高個(gè)人繳費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)，提高報(bào)銷比例和支付限額。

    為促進(jìn)安全用藥，遏制藥價(jià)虛高的問題，中國將初步建立國家基本藥物制度，將基本藥物全部納入醫(yī)保藥品報(bào)銷目錄。同時(shí)，為了方便民眾就醫(yī)，中國將投入巨資健全基層醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)體系，重點(diǎn)加強(qiáng)縣級(jí)醫(yī)院（含中醫(yī)院）、鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院、邊遠(yuǎn)地區(qū)村衛(wèi)生室和困難地區(qū)城市社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心建設(shè)。